Yorozuya ekibinin sakin ve komik rutini, Gintoki'nin geçmişteki eski samuray arkadaşı Kotaro Katsura'nın gizemli bir şekilde ortadan kaybolmasıyla aniden kesintiye uğrar. Katsura’nın sadık ve devasa yaratığı Elizabeth, arkadaşını bulabilmek adına Gintoki ve ekibinden yardım istemek için büronun kapısını çalar. Tam bu sırada şehirde samurayları teker teker avlayan ve "Benizakura" adı verilen lanetli, yaşayan bir kılıcın dedikoduları kulaktan kulağa yayılmaktadır. Kayıp bir dostun peşinde başlayan bu arayış, ekibi kısa sürede Edo sokaklarındaki en tekinsiz ve karanlık yeraltı hesaplaşmalarının tam ortasına sürükler.