Shinsengumi cephesinde ise başkan yardımcısı Toshiro Hijikata, kendisine yapılan gizemli bir çip suikastı yüzünden tüm karizmasını ve savaşçı kimliğini kaybeder. Vücuduna yerleştirilen bu dijital lanet nedeniyle bir anda bencil, korkak ve anime figürlerine tapan fanatik bir "otaku"ya dönüşür. Teşkilat içindeki bu zafiyeti fırsat bilen hırslı yüzbaşı Ito Kamotaro, Shinsengumi’nin yönetimini ele geçirmek için karanlık bir isyan başlatır. Hijikata’nın bu acınası durumu, hem polis birliğinin geleceğini hem de Shogun’un hayatını büyük bir tehlikenin eşiğine sürükler.